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2009年，三峡大学整合水利、土木、生态学等优势学科资源，申报获批三峡库区生态环境教育部工程研究中心，并于2013年通过教育部验收。

中心立足三峡库区，辐射全国水利水电工程。建立了2个省级国际科研平台；加入了5个关于长江大保护的国家级、省部级平台，为“长江经济带”、“长江大保护”和水库高效运行提供科技支撑。形成了三峡库区水污染控制与水华应急技术、三峡库区库岸防护与生态恢复技术和工程影响鱼类保护与过坝技术3个特色方向，具有较强的团队攻关能力和解决工程影响的生态环境问题能力。建成特色鲜明、国际上有影响、国内一流的水利水电影响下的生态环境工程研究中心。三峡库区生态环境教育部工程研究中心以持续改善长江生态环境为目标，聚焦三峡水库支流库湾富营养化和水华问题、水库消落带生态恢复问题和大坝阻断鱼类洄游通道等突出环境问题，持续对长江大保护修复攻坚战提供决策支持。